Родился 9 октября 1959 года в Сочи в семье замначальника строительного главка Ефима Давыдовича Немцова (1928—1988) и педиатра, заслуженного врача России Дины Яковлевны Эйдман (род. 1928). По воспоминаниям Немцова, его бабушка по отцовской линии, Анна Борисовна Немцова (1899—1980), была русская и в детстве крестила его втайне от матери-еврейки, чем вызвала её большое недовольство.

Учился в Горьком, школу окончил с золотой медалью, университет с отличием. В 1976 году поступил на радиофизический факультет Горьковского государственного университета им. Н. И. Лобачевского, где преподавал его дядя по матери Вилен Яковлевич Эйдман. Двоюродный брат Немцова, сын Вилена Эйдмана — Игорь Эйдман также учился в Горьковском университете. В 1997 году переехал в Москву.

Затем работал в научно-исследовательских институтах. Занимался проблемами физики плазмы, акустики и гидродинамики. В 1985 году вместе со своим дядей был соавтором В. В. Курина в статье «Предвестник и боковые волны при отражении импульсов от границы раздела двух сред». В 1985 году защитил диссертацию и получил степень кандидата физико-математических наук (тема: «Когерентные эффекты взаимодействия движущихся источников с излучением»). Автор более 60 научных работ по квантовой физике, термодинамике, акустике. Среди изобретений Немцова — акустический лазер (перегретый пар сильно охлаждается, возникает мощный инфразвук) и некоторые параметры антенны для космического корабля (при вхождении корабля в земную атмосферу из-за её нагревания связь с кораблем теряется — изобретение Немцова снимало помехи связи). Академик В. Л. Гинзбург отмечал в 1997 году о нём: «Он учился на кафедре распространения радиоволн, организованной мной на радиофаке, был аспирантом двух моих аспирантов: Эйдмана, своего дяди, и Денисова. Он по-настоящему талантливый физик, у него много хороших работ». Подрабатывал репетитором по физике, математике и английскому языку.

В марте 1990 года избран народным депутатом РСФСР по Горьковскому национально-территориальному округу, был членом блока «Коалиция реформ» и фракции «Левый центр — Сотрудничество».

Во время выборов президента России в 1991 году Борис Немцов был доверенным лицом Бориса Ельцина по Нижегородской области.

С 27 августа 1991 по 18 апреля 1994 года Борис Немцов был полномочным представителем президента Российской Федерации в Нижегородской области.

30 ноября 1991 года был подписан указ президента РСФСР о назначении Немцова главой администрации Нижегородской области.

В 1993 году Немцов был избран в Совет Федерации, его предвыборную кампанию, как писала газета «Коммерсантъ», профинансировал бизнесмен Андрей Климентьев.

28 ноября 1991 года Ельцин подписал Указ о назначении Немцова главой администрации Нижегородской области, а областной Совет — по предложению Немцова — утвердил новое название должности — губернатор. В декабре 1995 года на выборах в Нижегородской области Борис Немцов был уже избран губернатором получив 58,9 % голосов избирателей. Газета «КоммерсантЪ» писала, что в 1995 году Борис Немцов «снискал громкую славу реформатора», опыт которого по структурной перестройке экономики отдельного региона правительство рекомендовало внедрить повсеместно.

За время работы Немцова губернатором было реализовано несколько успешных программ: «Дороги и храмы», «Одаренные дети», «Народный телефон», «Метр за метром» (жилищная программа для военнослужащих), «Ярмарка», «Строительство предприятий перерабатывающей промышленности», «Газификация сел», «ЗеРНО» («Земельная реформа Нижегородской области». В Нижегородской области было построено восстановлено более 150 православных храмов и монастрей, десятки старообрядческих скитов и несколько мечетей. За это Борис Немцов был удостоен Ордена Святого Даниила Московского I степени, который ему вручил Патриарх Московский и Всея Руси Алексий II.

В 1993 году аэропорт Нижнего Новгорода «Стригино» получил статус международного. С 1991 года по 1996 год в Нижегородской области было построено 5000 км дорог. В 1996 году Нижегородская область заняла 3-е место в России по объёму инвестиций — за 9 месяцев 1996 года в регион было вложено 62,7 млн долларов и 153 млрд рублей. В марте 1995 года по инициативе Бориса Немцова на трех нижегородских конверсионных предприятиях — АО «Завод им. Г. И. Петровского», АО «Сормовский завод „Лазурь“ и Научно-производственное предприятие (НПП) „Салют“ — были созданы территориально-производственные зоны (ТПЗ) со льготным налогообложением. За время существования ТПЗ их участниками стали более 40 предприятий, которые заняли 19,5 тыс. м² производственных площадей, инвестировали в ТПЗ и основные фонды базовых предприятий около 53 млрд рублей, произвели продукции на сумму 42,5 млрд рублей и создали более 1,1 тыс. новых рабочих мест, в том числе больше половины — для работников базовых предприятий.

В начале 1996 года по инициативе Бориса Немцова в Нижегородской области был проведен сбор подписей за вывод российских войск из Чечни. 29 января 1996 года миллион подписей нижегородцев были переданы президенту Ельцину.

Весной 1996 года инициативной группой Борис Немцов был выдвинут кандидатом на пост президента России, но отказался участвовать в выборах.

17 марта 1997 года назначен первым заместителем Председателя Правительства России. Распоряжением Правительства России от 25 марта 1997 года на Немцова были возложены следующие обязанности:

организация проведения реформ в социальной сфере и жилищно-коммунальном хозяйстве, обеспечение координации деятельности федеральных органов исполнительной власти и органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации в этих направлениях деятельности;

ведение вопросов жилищной и строительной политики, антимонопольной политики, демонополизации и развития конкуренции, деятельности естественных монополий, обеспечения потребностей хозяйства и населения в топливе и энергии, в железнодорожных перевозках;

непосредственная координация и контроль деятельности ряда органов исполнительной власти РФ, в том числе МПС, Минтопэнерго, государственного антимонопольного комитета, госкомитета по жилищной и строительной политике, федеральной энергетической комиссии.

С 24 апреля по 20 ноября 1997 года Борис Немцов занимал также должность министра топлива и энергетики России, с 22 мая 1997 года по 1 октября 1998 года — члена Совета безопасности России.

26 декабря 1997 года Госдума приняла постановление, в котором охарактеризовала Немцова как безответственного и малоквалифицированного политика, предложив Ельцину освободить его от занимаемой должности.

В начале 1998 года назначен заместителем Председателя Правительства Российской Федерации. В соответствии с распоряжением Правительства России от 13 мая 1998 года, на Немцова были возложены следующие обязанности:

организация проведения земельной реформы и реформы в жилищно-коммунальном хозяйстве, реформы в сфере перевозок, обеспечение взаимодействия органов исполнительной власти в этой области;

ведение вопросов формирования и реализации государственной политики в области научно-технического прогресса, энергетики, строительства, транспорта и связи;

ведение вопросов антимонопольной политики, в том числе в области связи и на транспорте, демонополизации и развития конкуренции, поддержки и развития малого и среднего предпринимательства, регулирования деятельности естественных монополий;

ведение вопросов использования природных ресурсов, мониторинга и охраны окружающей среды, развития лесного и рыбного хозяйства;

исполнение обязанностей Председателя Правительства Российской Федерации в случае его временного отсутствия;

координация деятельности министерства Российской Федерации по атомной энергии (в части вопросов внешнеэкономической и коммерческой деятельности);

непосредственная координация и контроль деятельности ряда органов исполнительной власти РФ, в том числе министерства по земельной политике, строительству и ЖКХ, министерства природных ресурсов, МПС, Минтопэнерго, Минтранса, государственного антимонопольного комитета.

Постановлением Правительства России от 15 мая 1998 года на Немцова было возложено руководство комиссией Правительства Российской Федерации по оперативным вопросам и Межведомственной комиссией по социально-экономическим проблемам угледобывающих регионов.

В мае-ноябре 1997 года и с мая 1998 года Немцов был также председателем коллегии представителей государства в РАО «Газпром».

Немцов является одним из инициаторов принятия Президентской программы подготовки управленческих кадров.

Через несколько дней после дефолта 17 августа 1998 года правительство Сергея Кириенко было отправлено в отставку, Немцов стал исполняющим обязанности заместителя председателя правительства России. По сведениям журнала «Профиль» Борис Ельцин позвонил Немцову и сказал, что тот к кризису не имеет никакого отношения, а потому будет работать до 2000 года, но Немцов отказался.

24 августа 1998 года Борис Немцов подал прошение об отставке, которое было удовлетворено указом Президента России Бориса Ельцина 28 августа 1998 года.

22 сентября 1998 года был назначен заместителем председателя Совета по местному самоуправлению в Российской Федерации (на общественных началах).

В декабре 1998 года было учреждено общественно-политическое движение «Россия Молодая». Немцов был избран председателем федерального политсовета этого движения. Весной 1999 года «Россия Молодая» вошла в состав коалиции «Правое дело».

2 апреля 1999 года Государственная дума РФ выразила обепокоенность в связи с миротворческой инициативой группы, в которой участвовал Немцов, по Югославии.

В августе 1999 года Немцов положительно отозвался об утверждении Владимира Путина на посту председателя правительства России: «Для „правых“ сил Путин — вполне приемлемая фигура. Он работоспособный, опытный и умный человек, примерно одного уровня со Степашиным».

В сентябре 1999 года председатель Госдумы Г.Селезнёв призвал лидеров СПС обнародовать источники финансирования своего предвыборного блока. Селезнёв напомнил заявление одного из лидеров СПС Немцова о том, что они «люди небедные». Спикер Госдумы отметил, что Немцов «нигде не работает, то есть, по старым законам, тунеядец». Как заявил Селезнёв, в таком случае непонятно, откуда у СПС берутся средства «на плакаты, рекламу, и непонятно, на что живут эти ребята».

В конце 1999 года вместе с Сергеем Кириенко и Ириной Хакамадой возглавил список предвыборного блока «Союз правых сил». В декабре избран депутатом Госдумы по 117-му Автозаводскому избирательному округу Нижнего Новогорода, занимал посты заместителя председателя Госдумы, члена комитета Госдумы по законодательству и лидера фракции СПС. Являлся одним из сопредседателей партии «Союз правых сил».

27 ноября 1999 года Немцов назвал Владимира Путина самым достойным человеком из всех кандидатов, которые намереваются участвовать в выборах президента России в 2000 году. Он заявил, что следующим президентом должен быть Путин. По мнению Немцова, Путин ответственный, честный, не боящийся принимать сложные для себя решения человек, который сформирует дееспособное, ответственное и грамотное правительство.

Впоследствии Немцов признал поддержку Путина ошибочной, заявил, что на самом деле на президентских выборах 2000го года голосовал за Григория Явлинского, и что за Путина не голосовал никогда и возражал против поддержки Путина СПС.

28 апреля 2001 года на четвёртом съезде «России молодой» было объявлено о самороспуске этого движения в преддверии создания партии «Союз правых сил».

27 мая 2001 года Немцов был избран председателем Федерального политического совета СПС.

24-25 октября 2002 года, во время захвата Театрального центра на Дубровке, террористы, по свидетельству Иосифа Кобзона, назвали среди политиков, с которыми согласны вести переговоры, Кобзона, Ирину Хакамаду и Немцова. Хакамада ответила, что готова и ради вызволения заложников отправилась с Кобзоном в Театральный центр на встречу с террористами, а Немцов сказал: «Мне нужно согласовать» и пропал. Спустя 10 лет Немцов пояснил, что ему и Лужкову тогда запретил участвовать в переговорах с террористами В. Путин: «Был прямой звонок от Путина. А потом подошёл <начальник оперативного штаба> Проничев и сказал: вам и Лужкову ходить не следует… Я попросил объяснить мне причину. Проничев мне сказал: идите в Кремль и разбирайтесь. Я пришёл к <главе администрации Президента РФ> Волошину и попросил объяснить, что это всё означает. Волошин мне сказал: Путину не нравится, что у вас растёт рейтинг».

В 2003 году возглавил список СПС на выборах в Госдуму, который не преодолел 5-процентный барьер. После поражения на выборах подал в отставку с поста председателя политсовета СПС.

В 2004 избран в совет «Комитета 2008: Свободный Выбор»

В 2004 году партия Немцова СПС официально поддержала Виктора Ющенко в ходе президентской избирательной кампании на Украине. Во время «оранжевой революции» Немцов стал одним из немногочисленных российских политиков, выступившим в поддержку Ющенко. Немцов несколько раз посещал Киев, выступая на «оранжевых» митингах.

С февраля 2005 года по октябрь 2006 года был внештатным советником президента Украины Виктора Ющенко. По словам самого Бориса Немцова, «его советы нельзя назвать судьбоносными, но он делал что мог».

В 2007 году вышла книга Немцова «Исповедь бунтаря».

В сентябре 2007 года съезд партии СПС утвердил Бориса Немцова вместе с Никитой Белых и Мариэттой Чудаковой во главе предвыборного списка СПС на выборах в Государственную Думу 2007 года. В ходе предвыборной кампании СПС выступил с жесткой критикой власти, возглавляемой Владимиром Путиным.

В ноябре 2007 года в период предвыборной кампании в Госдуму ряд СМИ опубликовали заявление первого номера региональной группы СПС по Ингушетии Вахи Евлоева, который крайне негативно охарактеризовал деятельность Немцова в том числе на посту лидера партии. Политолог Александр Кынев называл это заявление «пиар-кампанией по дискредитации одной из политических партий», предположив, что оно сделано под давлением.

В декабре 2007 года съезд СПС выдвинул Бориса Немцова кандидатом на пост Президента России для участия в выборах в марте 2008 года. По данным на декабрь 2007 года, президентский рейтинг Немцова был меньше 1 %. 26 декабря, ещё до начала предвыборной кампании, Немцов снял свою кандидатуру в пользу Михаила Касьянова.

По итогам выборов в Думу в декабре 2007 года кандидаты на пост Президента России Борис Немцов, Владимир Буковский и Михаил Касьянов выступили с совместным заявлением, в котором говорилось, что прошедшая кампания была нечестной, и перечислялись многочисленные причины, побудившие их прийти к такому выводу.

12 февраля 2008 года в офисе партии «СПС» состоялась презентация «независимого экспертного доклада» Бориса Немцова в соавторстве с Владимиром Миловым «Путин. Итоги». В тот же день Борис Немцов заявил о приостановке своего членства в «Союзе правых сил», отказавшись комментировать это решение.

5 апреля 2008 года в Санкт-Петербурге Немцов принял участие в конференции «Новая повестка для демократического движения».

На конференции было принято решение о начале создания объединённого демократического движения «Солидарность». Борис Немцов вошёл в состав координационной группы по подготовке первого съезда «Солидарности», в ходе этой работы принял участие в учредительных конференциях нового движения в Москве, Иркутске, Краснодаре, Нижнем Новгороде, Уфе и других городах.

15 ноября 2008 года на внеочередном съезде партия СПС объявила о самороспуске. На базе ликвидированных партий СПС, Гражданская сила и ДПР была создана новая партия «Правое дело». Немцов был одним из настойчивых противников роспуска СПС, назвал Правое дело «кремлёвским проектом» и активно пытался убедить товарищей по партии отказаться от добровольной ликвидации СПС, но большинство решило иначе. Меньшая часть бывших членов СПС, в их числе и Борис Немцов, отказались участвовать в «Правом деле».

13 декабря 2008 года на первом съезде Объединённого демократического движения «Солидарность» избран членом федерального политсовета «Солидарности» и вошёл в состав бюро федерального политсовета движения.

В марте 2009 года Борис Немцов заявил о своём намерении участвовать в качестве кандидата в выборах мэра города Сочи. Это решение он принял после того, как получил обращение от группы жителей Сочи с просьбой выставить свою кандидатуру на выборах. 28 марта 2009 года муниципальная избирательная комиссия официально зарегистрировала Немцова кандидатом в мэры города Сочи.

Комментируя ход предвыборной кампании некоторые СМИ писали, что Немцов ведет себя, как «настоящий публичный политик», разъезжая по городу и встречаясь с людьми на улице. Сам Немцов в интервью корреспонденту Радио Свобода заявил, что первым его решением на посту мэра Сочи будет отмена цензуры, и посетовал что власти уклоняются от дебатов.

10 марта 2010 года Немцов в числе первых деятелей оппозиции подписал обращение «Путин должен уйти».

7 августа 2010 года Немцов взошёл на гору Эльбрус, самую высокую точку России и Европы, где поднял флаг «Солидарности». По словам Немцова, «главным стимулом восхождения было поднять флаг оппозиции на недосягаемую доселе высоту, что я и сделал».

16 декабря 2010 года председатель правительства России Владимир Путин в прямом эфире российского телевидения заявил, что Немцов, Милов, Рыжков и т. д. хотят денег и власти. По мнению Путина, в 1990-х годах "они поураганили, утащили вместе с Борисом Березовским и теми, кто в данный момент находится в местах заключения, немало миллиардов, но затем их оттащили от кормушки и им хочется вернуться вновь и пополнить свои карманы". Путин заявил, что если им позволят это сделать, они не ограничатся отдельными миллиардами, а распродадут всю Россию.

В январе 2011 г. Борис Немцов подал в Мосгорсуд иск о несоответствии приведённой информации и оценке, приведенной Владимиром Путиным. В феврале 2011 г. иск был отклонён, причём в ходе досудебного слушания представитель Путина в суде в качестве аргумента предъявила ряд публикаций о противоправной деятельности истцов, в числе которых была распечатка из Википедии. Судья Татьяна Адамова указала, что вопрос о том, чего хотят оппозиционеры, «касался не персонально личности Немцова Б. Е., Рыжкова В. А. и Милова В. С., а носил обобщающий характер и был направлен на выяснение общего отношения Путина В. В. к деятельности определенной группы лиц, ранее имевшей непосредственное отношение к осуществлению госвласти в РФ». «Фамилии Немцова, Рыжкова и Милова употреблены не в качестве имен собственных, а исключительно в нарицательном значении этих фамилий для обозначения определенного класса политических деятелей».

Немцов был задержан 31 декабря 2010 года после окончания согласованного с московскими властями митинга на Триумфальной площади в рамках кампании «Стратегия-31». Постановлением мирового судьи Тверского района Москвы Боровковой О. Ю. Немцов признан виновным в совершении административного правонарушения, предусмотренного частью 1-й статьи 19.3 КоАП РФ (неповиновение законному распоряжению или требованию сотрудника милиции, военнослужащего либо сотрудника органа или учреждения уголовно-исполнительной системы в связи с исполнением ими обязанностей по охране общественного порядка и обеспечению общественной безопасности, а равно воспрепятствование исполнению ими служебных обязанностей), назначено наказание в виде административного ареста на срок 15 суток.

4 января 2011 года международная правозащитная организация «Международная амнистия» признала Бориса Немцова узником совести. Узниками совести были также признаны Илья Яшин и Константин Косякин, задержанные и впоследствии осуждённые вместе с Борисом Немцовым.

В июле 2014 г. Европейский суд по правам человека признал, что в отношении Немцова была нарушена статья 11 Европейской конвенции о правах человека, которая гарантирует свободу собраний. Суд счел, что административное задержание Немцова и его арест были незаконными и преследовали цели, не связанные с теми основаниями лишения свободы, на которые ссылались власти. Суд постановил выплатить Немцову компенсацию в размере 28,5 тысяч евро (26 тысяч за моральный вред и 2,5 возмещение судебных издержек).

Немцов вошёл в оргкомитет серии митингов против фальсификаций на выборах в Госдуму 10 и 24 декабря 2011 года.

К митингу 15 сентября 2012 года Немцов совместно с Сергеем Удальцовым, лидером «Левого Фронта» разработали проект резолюции митинга, который кроме предыдущих требований, содержал согласованную позицию по социально-экономическим требованиям российской оппозиции.

22 октября 2012 года на выборах Координационного совета оппозиции (КСО) по общегражданскому списку занял 16-е место, набрав 24 тыс. голосов.

Немцов с 2010 года активно занимался продвижением принятия в Европейском союзе и США «списка Магнитского», вводящих персональные санкции в отношении лиц, ответственных за нарушение прав человека и принципа верховенства права. 16 ноября 2010 Немцов выступил в Конгрессе США на вечере памяти Сергея Магнитского после сенатора Кардина, автора законопроекта. Немцов предложил одновременно с принятием списка отменить в отношении России устаревшую поправку Джексона-Веника.

16 февраля 2012 года Немцов передал депутату Европарламента, инициатору резолюции «О верховенстве закона в России» Кристине Оюланд, «список Немцова», как дополнение к «списку Магнитского» и «списку Ходорковского». В списке фигурирует 11 фамилий: от Владимира Путина до Василия Якеменко.

В июле 2013 года стало известно, что партия РПР-ПАРНАС, в коалиции с Партией 5 декабря и партией «Народный альянс», примет участие в выборах в Ярославскую областную думу, которые прошли 8 сентября 2013 года по смешанной системе. Список возглавил Борис Немцов. Избирательная кампания проходила на фоне возбуждения уголовного дела, ареста мэра Ярославля Евгения Урлашова и снятия с выборов списка партии «Гражданская платформа». «Хватит грабить Ярославль!» и «Свободу Евгению Урлашову!» стали главными лозунгами избирательной кампании списка РПР-ПАРНАС. Предвыборная агитация проходила в формате «пожми тысячи рук» — проводились встречи с избирателями во дворах, на рынках, спортивных мероприятиях, устанавливались агитационные кубы.

Во время крымского кризиса подверг резкой критике Россию за её внешнюю политику по отношению к Украине. Участник конгресса «Украина — Россия: диалог», прошедшего 24-25 апреля 2014 года в Киеве.

В сентябре 2014 г. подписал заявление с требованием «прекратить агрессивную авантюру: вывести с территории Украины российские войска и прекратить пропагандистскую, материальную и военную поддержку вооружённым сторонникам самопровозглашённых ДНР и ЛНР.