19 июля 1938 года был введен в эксплуатацию первый гидроагрегат станции.

16 мая 1940 года дирекция Гергебильской ГЭС приняла станцию суммарной мощностью 4,2 МВт и ввела ее во временную эксплуатацию в составе трех гидроагрегатов по 1,4 МВт. В последующие годы мощность ГЭС возросла за счет установки дополнительных агрегатов. В настоящее время на станции работают 2 старых гидроагрегата по 1,2 МВТ и 3 новых по 5 МВТ каждый.

Водохранилище Гергебильской ГЭС имеет длину 4,5 км, ширину 0,38 км, полная ёмкость 17,5 млн. куб. м.

ГЭС носит имя командира-подводника Магомеда Гаджиева. Памятник герою Великой Отечественной войны установлен на территории станции.