Расположен на границе с Чечнёй.

Основан в 1735 как русская крепость на реке Терек.Название Кизляр дано поселению по наименованию протоки Терека. Происходит от тюркского "кызыл яр" (красный обрыв). Распространено также поверие о том, что название происходит от торговли рабами в этих местах (тюркское кыз — девушка).

Поселение терских казаков Кизляр впервые упоминается в 1652. Уничтожено наводнением 1725.В 1735 генерал-аншеф В. Я. Левашов основал крепость Кизляр. Из крепости Святого Креста на Сулаке, срытой по требованию Надир-шаха сюда были переведены казаки и северокавказцы, издавна находившиеся на службе России (чеченцы, кабардинцы и др.). Все они стали именоваться Терско-Кизлярским казачьим войском. Русские по языку казаки проживали в особом квартале — Кизлярской станице, нерусские жили в других кварталах.Казаки этого войска непосредственно подчинялись кизлярскому коменданту. Он также был непосредственным начальником над Гребенским войском, казаки которого проживали выше по течению Терека задолго до основания города.С 1785 Кизляр — город. Правительство активно привлекает население, стремясь прочно закрепить позиции России в регионе. В городе селятся христиане: армяне, грузины, крещёные кабардинцы и осетины, а также мусульмане: ногайцы, чеченцы.

В 1805 открыта первая в России школа виноделия. С 1822 центр Кизлярского уезда в составе Кавказской области. В 1831, во время Кавказской войны, город подвергся разорению, отстроен заново. С 1860 центр Кизлярского округа Терской области.В 1922 город включён в состав Дагестанской АССР, c 1937 в составе Орджоникидзевского (Ставропольского) края, с 1944 Грозненской области, в 1957 вновь передан Дагестану.

Во время Первой Чеченской войны город получил всероссийскую известность во время теракта в январе 1996 года.